Covid-19 : au Japon, le Ninja qPCR pour tester en temps-réel
A Tokyo, le biohacker indépendant Shingo Hisakawa est en train de convertir son thermocycleur open source NinjaPCR en système d’amplification d’ADN en temps-réel, ce qui permettrait de tester, parmi d’autres maladies infectieuses, la maladie Covid-19 à coronavirus SARS-CoV-2. En effet, l’amplification en chaîne par polymérase (PCR) permet d’isoler une séquence d’ADN et de la dupliquer en grand nombre, afin de l’analyser de plus près et ainsi de détecter la présence du virus dans un très petit échantillon d’ADN pris dans un patient.
Avec les grandes villes du Japon enfin en état d’urgence officielle, il devient d’autant plus nécessaire de tester en temps-réel, sans avoir recours à tous les post-processus que demande un thermocycleur traditionnel (comme le NinjaPCR actuel). Autre grande considération, le coût : si la PCR en temps-réel commerciale coûte des plusieurs milliers de dollars, Shingo Hisakawa vise un coût d’environ $300 pour le nouveau kit Ninja qPCR en temps-réel.
Selon le biohacker, le NinjaPCR est déjà proche de ce but, car il est distribué en open source sous une licence GPL v3 (ce qui exige que toute utilisation soit également open source), intègre un modèle de simulation thermale pour un contrôle ultra-précise de la température, et peut être connecté à un smartphone iOS ou Android via le wifi, sans besoin de connection Internet.
A présent, le projet compte deux équipes : l’équipe d’ingénieurs, dont Shingo, sa femme Mariko et des amis dans leur quartier d’Akihabara ; et l’équipe de biologistes, menée par la biochimiste française Joséphine Galipon à l’Institut des sciences de la vie avancées de l’Université Keio à Tsuruoka dans le nord du Japon, avec la collaboration du BioClub de Tokyo.
« Grâce à l’événement organisé par le BioClub, plusieurs autres biohackers ont décidé de participer au projet Ninja qPCR, dit Shingo. Actuellement, leurs tâches consistent de 1) faire la liste d’achats, 2) développer un manuel pour le test, et 3) créer des tubes d’échantillons pour l’équipe d’ingénieurs. Leur commander de l’ADN sur mesure qui est équivalent à une partie unique du virus Covid-19 nous permet de développer cette machine en toute sécurité. »
Il y a six ans, la société américaine Chai avait développé le Chai Open qPCR, autre thermocycleur open source en temps-réel (« pour la recherche, et non pas la procédure diagnostique »), dont s’inspire aussi Ninja qPCR, vendu à $4500.
Ce mois d’avril, l’OMS vient d’approuver le kit de réactifs open source Genesig Real-Time PCR Coronavirus (COVID-19) CE IVD de la société britannique Primerdesign, à destination explicite des professionnels pour la détection exclusive du coronavirus SARS-CoV-2, via diagnostic in vitro en Europe.
En savoir plus sur le projet Ninja qPCR